De uitvoeringskosten zijn vastgesteld door de totale uitvoeringskosten te verdelen naar rato van belasting van de ICT en administraties door een bepaald bedrijfstype en vervolgens te delen door het aantal actieve registraties (KIP-nummers). Ieder KIP-nummer betaalt dus. De overheid houdt toezicht op de juiste kostendekkende doorberekening.
De kosten worden niet meer doorbelast per opgezet dier, maar per (bedrijfstype) registratie (KIP-nummer). Het is voor deze taken niet zo dat kleine bedrijven de ICT en administraties minder belasten dan grote bedrijven. De totale uitvoeringskosten voor de sector zijn bij deze methode lager doordat deze veel eenvoudiger is.
De overheid wil van alle sectoren weten wat het antibioticagebruik is. De organisaties in de legsector hebben daarom besloten de geleverde antibiotica te laten registreren in de database CRA. Hierdoor kan de legsector het lage gebruik van antibiotica aantonen. Het gebruik van de database CRA brengt kosten met zich mee. De kosten zijn voor de legbedrijven lager dan voor bedrijven in de vleessector, omdat minder werkzaamheden voor de legsector verricht worden.
Dit komt doordat AVINED in de loopt van de tijd nieuwe activiteiten is gaan uitvoeren die verschillende grondslagen (per dier, per bedrijf) en verschillende momenten van goedkeuring van tarieven hebben. In de toekomst wordt dit waar mogelijk vereenvoudigd.
